作为社会自治的、非营利性组织之一的行业协会，具有弥补政府失灵、市场失调的重要作用。而行业协会的功能欠缺及其功能发育不完善，使行业协会无法将市场中分散的各个利益主体的力量凝聚在一起，发挥社会整合功能，难以打破我国长期以来政治上的高度集中、经济上的高度统一、社会生活的高度整合的单一的社会机制。缺少作为社会第三部门的活跃力量的行业协会的参与，市场经济很难成熟起来，这将影响到需要建立在市场经济基础之上的市民社会的形成，也必将难以构建国家—经济—社会的三元社会结构。

造成我国行业协会功能问题的原因有很多。其中主要在于，改革开放以来，我国行业协会大多数是由政府兴办的，要么是政府直接或者间接组建行业协会，要么是由政府专业经济职能部门转变为行业协会。因此，行业协会从其诞生时起便打上了很深的“行政”烙印，成为政府的附属、助手，这样必然使行业协会具有本不该具有的许多管理职能，政府官员兼任行业协会的主要领导更加剧了行业协会的行政色彩。这对行业协会的功能产生极大的影响，致使行业协会的独立性不强，缺乏代表性，社会整合力量不足，无法更好地为企业提供服务。

本质上行业协会属“社会中介机构”。而社会中介机构的特点，在于它的独立性。这种独立性的首要表现，就是它的“民间化”，或者叫“非政府化”。对政府，它不是附属物，而是独立的社团组织，是企业利益的代表者；对企业，它不是管理者，而是服务者，是国家利益的维护者。它就是要在许多政府部门不应管又不便管，管不了也管不好的事情上，发挥监督、协调和信息服务作用。在企业与社会的有关方面发生矛盾时，行业协会代表企业与有关方面进行求同存异的友好协商，以维系社会经济的稳定发展。